معرفی

اهمیت برهمکنش‌های RNA-پروتئین در تأثیرگذاری بر عملکرد هر دو mRNA و RNA غیرکدکننده به طور فزاینده‌ای شناخته شده که منجر به توسعه روش‌های مختلف برای ترسیم این برهمکنش‌ها می‌شود. این روش برای بررسی ارتباط فیزیکی بین پروتئین های انفرادی و مولکول های RNA در داخل بدن طراحی شده است.

در حالی که RIP ،اصول بنیادی را با رسوب ایمنی کروماتین (ChIP) که یک ابزار پرکاربرد در زمینه اپی ژنتیک است، مشترک دارد، با این وجود تمایزات قابل توجهی بین این دو روش وجود دارد.RIP شامل استفاده از یک آنتی بادی خاص در برابر پروتئین مورد علاقه برای رسوب پروتئین متصل شونده به RNA (RBP) و کمپلکس های RNA مرتبط با هدف است. هر RNA مرتبط با این کمپلکس پروتئینی متعاقباً جداسازی می‌شود و می‌تواند از طریق روش‌های مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، هیبریداسیون یا تعیین توالی مورد تجزیه و تحلیل بیشتری قرار گیرد (Gagliardi, 2016)

موارد کاربرد ایمونوپرسپیتیشن RNA

  • اعتبار سنجی بین RNA ها و پروتئین های هدف
  • نگاشت شبکه های ژنومی برهمکنش های پروتئین اتصال دهنده RNA (RBP).
  • آنالیز ارتباط بین پروتئین متصل شونده به RNA (RBP) و RNA غیر کد شونده (لانگ، میکرو)

Benefits

  • RIP-seq offers a versatile approach for deciphering the interaction network between RNA and RNA-binding proteins (RBPs), particularly in relation to noncoding RNAs (ncRNAs) like lncRNA and miRNA.
  • Its extensive coverage facilitates precise screening and identification of protein binding sites across the entire genome.
  • The integration of high-resolution and high-throughput technologies enhances the discovery of novel protein binding sites..(Wheeler, 2018)

RIP-seq Specifications: RNA Sample Requirements

Genoxvision Workflow of RIP-seq Service

The RIP-seq service offered by the company involves a four-step process. The initial step includes sample preparation, followed by RNA library preparation, sequencing, and ultimately, data analysis through bioinformatics pipelines.

Every stage, from RNA sampling to the generation of data reports, holds the potential to impact the quality and quantity of data output, thereby directly influencing subsequent bioinformatics analysis results. Genoxvision places a strong emphasis on rigorous verification at each step, encompassing sample quality control, library quality control, and sequencing data quality control. This commitment ensures the sequencing data’s high quality, accuracy, and reliability, coupled with the provision of comprehensive bioinformatics analysis.